Genes and Coffee

junio 20, 2008

Canoas, Sol y Mojitos!

Filed under: General — Sergio @ 10:55 am

 

entrada

Hola!!

Escribo unas líneas desde el labo, porque por problemas técnicos me he quedado sin internete en casa, esperemos que pueda solucionarlo pronto. De todas formas, no hay mal que por bien no venga, pues así puedo hacer mi primera entrada con fotos. He visto que el blog, sin fotos, pues como que resulta muy insulso, así que aprovechando que el fin de semana pasado nos fuimos la gente del labo al urdaibai, para hacer canoa, he pensado poner unas fotillos.

 

La aventura surgió como parte del regalo sorpresa de Emma, nuestra postdoc, menuda cara puso cuando nos vió a todos!!

La verdad es que lo más asqueroso fue el neopreno… nunca me había puesto uno, pero sabiendo como sé de primera mano lo que hacen muchos buzos cuando las ganas de miccionar entran mientran están sumergidos… En fin, os podeís imaginar.

Tras una breve charla sobre piragüismo, de unos… 5 minutos, nos lanzamos al agua. Ibamos en canoas de dos plazas, yo iba con Sandra… La verdad es que esas canoas de plástico que veis en la primera imagen son bastante estables,  y en cuanto te consigues coordinar con tu compañero, se empieza a avanzar bien.

 

El paisaje, precioso. Hicimos la subida, pero teníamos la marea alta a nuestro favor, con lo que los 8km no se hicieron largos, la verdad.

el paisaje

Eso sí… nos pegó el sol… tuvimos muchísima suerte, porque llevábamos un mes lloviendo fin de semana sí, fin de semana también. Vamos, que la elección del día fue espectacular… aunque al final todos tengamos efectos notorios de haber tomado el solete…

Después de la activididad, una ducha y a comer!!! Teníamos un hambre atroz, así que nos decantamos por la pollería que había justo al lado del centro de actividades… pero, no tenían pollos asados ya (eran las 16h). Comimos unas ensaladas, patatas fritas y lomo… rico, rico y con fundamento. Luego un helado y un cafelito para no dormirnos.

Tras esto, nos fuimos a un bar que hay cerca, donde descubrimos que tenían montada una fiesta cubana!!! Música en directo, terraza con vistas a la playa, buen tiempo y, por supuesto, un mojito en la mano (cortesía de Emma, gracias desde aquí!).

fiesta cubana

 

Pero, como todo lo bueno, se acaba… el sol se empezó a poner, y la brisa marina que antes refrescaba, aliviaba y reconfortaba, ahora era una molestia. Así que, nos fuimos a tomar algo cerca de San Juan.

Y nada… una semana después aún tengo la nariz enrojecida y alguna marca en los brazos, porque no me extendí bien la crema solar… pero mereció la pena.

 

junio 8, 2008

Mar de dudas

Filed under: General — Sergio @ 10:11 pm

Hola de nuevo. Siento el silencio, que no ha sido breve, casi un mes.  Uno de mis objetivos, de un post a la semana, se acaba de caer. Tengo varias excusas, pero creo que sobran, así que lo mejor será seguir como si nada hubiera pasado, nunca mejor dicho, pues eso mismo ha sucedido.

El título del post hace referencia a mi estado de ánimo actúal. Sí, ciertamente, tengo muchas cosas en la cabeza. Primero que el tiempo por Bilbao no ayuda mucho, todo lo que no ha llovido en invierno está lloviendo ahora. Luego en el laboratorio andamos muy liados. Mi tiempo se acaba, y es justo ahora cuando empiezo a ver cierta luz al final del túnel. Tenemos resultados prometedores, pero falta mucho trabajo para consolidar una buena historia, o, al menos, una historia coherente, sin fugas.

Pero con lo que estoy hecho un lio de verdad es con el postodoc. Tengo que empezar a buscar uno. He estado mirando grupos, y, la verdad, hay mucho dónde elegir. Demasiado. Pero para buscar con algo de seguridad y confianza, tengo que publicar, lo que me lleva de nuevo al labo. Vamos, un círculo vicioso, que tiene otra variable, o, mejor dicho, constante: escribir la tesis. Ciertamente, tengo que empezar.

De todas formas, espero volver a escribir más a menudo. De momento, creo que escribiré un abstract que he escrito para el próximo congreso de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología molecula (SEBBM) en Bilbao, en Septiembre. En dicho congreso espero presentar un póster, y, mi jefe, dará una charla. Ya os contaré, porque en este mundo tan pequeño, seguro que me encuentro con alguién.

Y, para despedirme, quiero hacerlo homenajeando al mejor humorista y peor analista económico que ha tenido España en los últimos tiempos

http://youtube.com/watch?v=_38Max2RHHc

“Buenas noches y buena suerte”

 

mayo 10, 2008

Sábado at the bench

Filed under: Laboratorio-Laboratory — Sergio @ 3:01 pm

Pensaba iniciar el post de esta semana desarrollando el descubrimiento por parte de un grupo sueco del Karolinska Institute. Más o menos vienen a decir que, una vez que se predetermina el número de células grasas en el cuerpo (adipocitos), éste se mantiene constante.  Lo que explicaría el porque es tan fácil recuperar el peso perdido…

Pero, sinceramente, no he tenido el tiempo necesario para leerme más que el abstract del artículo, así que, ahí queda la idea, y el que quiera saber más, seguramente podrá acudir a una de las numerosas reseñas que sobre este artículo circulan por la red.

Y como me había quedado sin entrada para esta semana, os voy a contar por qué estoy hoy, un sábado, en el laboratorio.  El culpable de mi desdicha se llama clonaje molecular (molecular cloning). Estoy en la cuenta atrás de la tesis, y el tiempo es oro. Y el clonaje es uno de los procedimientos, desde mi punto de vista, que puede hacerse más tedioso y largo. Básicamente consiste en amplificar una región de DNA que sea de tu interés, pongamos un gen. Esto se suele hacer usando la técnica de la PCR, usando un cDNA como molde.  Para amplificar ese gen y poder trabajar con él posteriormente, se construyen unos primers o cebadores, que son unas pequeños trozos de DNA que complementan a nuestro gen de interés, es decir, que son específicos para ese gen en concreto -o, al menos, eso sería lo deseable-. A esos primers se les puede añadir otra pequeña secuencia de DNA llamada diana de restricción. De esta manera, con esos cebadores, amplificaremos nuestro gen de interés que además llevará unas secuencias extra de DNA -las dianas de restricción- que serán últiles a la hora de clonar esos fragmentos de DNA.

Una vez que tienes la PCR, hay que ver que ha funcionado. Básicamente consiste en correr la preparación en un gel de agarosa, y teñir el mismo usando una solución de Bromuro de Etidio (un agente intercalante que, bajo la luz ultravioleta, brilla, permitiendo la identificación visual del DNA que esté dentro del gel. Aviso a navegantes, al ser el Bromuro de Etidio un agente que se intercala en el DNA, es altamente mutagénico, por lo que es conveniente manejarlo con cuidado, en las áreas especialmente habilitadas para ello y utilizando las medidas de seguridad obligadas).

Bueno, entonces, ya tenemos nuestro gen de interés… y lo mejor es que ahora posee en los extremos una secuencia bastante única, la diana de restricción.  Algunos se habrán dado cuenta de que si hemos hecho las cosas bien, y la suerte ha estado con nosotros, tenemos el gen que queremos amplificado (gracias a la PCR) y con dianas de restricción a los extremos, pero todo eso lo tenemos dentro de un gel. Lo bueno de mi laboratorio es que a todos nos encantan los kits y, como de momento hay dinero, para solventar este problema uso un kit que sirve para extraer el DNA de la agarosa. Así que, primero corto la banda del gel que contiene mi gen (ahora, además de trabajar con un gel que contiene bromuro de etidio, debemos de trabajar con luz ultravioleta -la necesitamos para saber dónde está nuestro DNA-, así que, además utilizaremos una máscara protectora. Con una cuchilla cortamos la banda, la introducimos en un tubito tipo eppendorf (esos tubitos pequeños, de 1.5 ml de capacidad que salen en la popular serie C.S.I.) y con el kit, en un rato, tenemos el DNA disuelto en agua (o en un buffer, eso va en gustos).  Una vez que tenemos esta solución, yo personalmente suelo cortar ese DNA utilizando las enzimas de restricción apropiadas, es decir, aquellas que reconocen las sequencias de restricción que hemos introducido en los extremos de nuestro gen. Al mismo tiempo, elegimos un vector apropiado para acoger nuestro gen. Hay infinidad de vectores hoy en día, de distintos tipos: plásmidos, fagos, cromosomas artificiales de bacteria (BACs), etc, etc… nosotros solemos trabajar con plásmidos. Un plásmido es una sequencia de DNA circular, normalmente hoy en día son artificiales, que llevan un Origen de Replicación -una sequencia que permite que al plásmido replicarse cuando se introduce en un organismo apropiado, por ejemplo, una bacteria-, un promotor, que será el encargado de reclutar la maquinaria celular necesaria para expresar nuestro gen de interés, y algún otro que tenga el plásmido, como los genes reporteros (reporter genes). Estos últimos pueden expresar proteínas que hacen que podamos ver las células que tienen el plásmido (por ejemplo GFP, conocida como proteína verde fluorescente), u otros genes que otorgan resistencia a antibióticos (de esta manera, se pueden seleccionar bacterias y/o células que sobrevivan en un medio con un antibiótico dado, pues esos organismos serán los portadores de nuestro plásmido, al ser éste el que otorga la resistencia).

Los plásmidos también poseen una zona rica en dianas de restricción, de esta manera será en esta zona donde podamos insertar nuestro gen de interés (para clonar un gen con las dianas 1 y 2, debemos de contar con un plásmido que esté cortado con las enzimas que reconocen 1 y 2). Una vez que disponemos de nuestro vector cortado (ahora está preparado para recibir a nuestro gen), los juntamos, y con ayuda de una Ligasa (por ejemplo, T4 ligase) uniremos ambos fragmentos. Así tendremos un plásmido circular, que expresa nuestro gen.

Obviamente, no todos los trozos se unen correctamente, es por esto que tras hacer esto, ponemos un poco de esta mezcla de ligación en contacto con unas bacterias, preparadas para absorber el plásmido. Un rato después, algunas de esas bacterias habrán acogido el plásmido, el cual estará en su interior. Si ponemos estas bacterias a crecer en un medio selectivo, de tal forma que solo las que tengan el plásmido puedan crecer,  obtendremos una población de bacterias que llevan nuestro plásmido. Eso es lo que hacemos, ponemos esas bacterias a crecer en una placa petri con LB agar, un medio sólido con los nutrientes que necesitan las bacterias para crecer, pero les ponemos una trampa, y es que añadimos un antibiótico. Ninguna bacteria puede crecer en este medio, a menos que contenga uno de nuestros plásmidos en perfecto estado, expresando un gen de resistencia al antibiótico que hay en la placa. Así, tras unas 12 horas a 37ºC, tendremos una placa con algunas – pocas o muchas, depende de muchos factores- colonias. Esas colonias vienen de una sola bacteria, es decir, es un cultivo clonal. Lo que sigue es fácil de imaginar… nos aseguramos de que esas colonias expresan realmente nuestro plásmido, asegurándonos igualmente de que el plásmido lleva nuestro gen (esto se puede hacer por PCR, mediante una técnica llamada comunmente colony PCR… que consiste en utilizar a las bacterias como fuente de DNA, utilizando un primer que complemente al plásmido y otro que complemente al gen que hemos clonado. Esto es lo ideal, si no, se pueden usar dos primers del gen o del plásmido).

Una vez que tenemos nuestra/s conolina/s positiva, la queremos amplificar. Para esto ponemos esa colonia a crecer en LB, pero esta vez líquido, manteniendo el antibiótico para seleccionar nuestra colonia. De esta manera tendremos una  gran cantidad de plásmido, pudiéndolo usar para otros propósitos: producción de proteína (la que codifica nuestro gen), producción de plásmido para transfectar células (produciríamos nuestra proteína en células), etc.

Bueno, y ahora, me toca marcharme del laboratorio. Decir que ha salido uno de los experimentos que he venido a hacer, así que estoy muy contento!!

Esta noche o mañana, repasaré el post, porque habiéndolo escrito entre los ratos libres que me dejaba un western y un cloning, seguro que tiene decenas de errores…

Saludos,

abril 30, 2008

Creacionismo y postdoc

Filed under: General — Sergio @ 6:57 pm
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Leo el la revista The Scientist que un investigador postdoctoral ha perdido un juicio en el que alegaba haber sido despedido por sus creencias religiosas, al haber expresado ante los miembros del laboratorio que creía en la verdad literal de la Biblia (creacionismo), y consideraba la evolución como una teoría, no como un hecho. 

El despedido lanzó primero una demanda por discriminación contra el jefe del laboratorio, que fue rechazada por la comisión contra la discriminación de Massachusetts. El pasado noviembre, el despedido presentó una demanda judicial contra el mismo jefe y contra el Instituto donde trabajaba, alegando, de acuerdo con los papeles que se presentaron en el tribunal, que fue contratado en el laboratorio como experto en biología del desarrollo, muerte celular programada (apoptosis) y toxicología en pez cebra, de tal manera que la aceptación de la evolución como hecho más que como teoría, en contraposición a sus creencias religiosas, no era un requisito para desarrollar las labores del puesto de manera satisfactoria.

La defensa esgrimió que la demanda judicial fue presentada por el demandante fuera de plazo, no obstante, ciertos documentos del juicio exponían que el desarrollo de las investigaciones en ese laboratorio podían necesitar de la aplicación de principios evolutivos sin más condiciones acerca de la aceptación de la evolución.

En resumen, y si he traducido correctamente, que de haber sido despedido en base a eso, a la discriminación (cosa que tampoco parece haber sido probada), no hubiera sido un despido legal, pues se pueden aplicar principios evolutivos, aún cuando no se esté de acuerdo con la evolución.

Tengo ganas de saber cómo acabará esto, porque puede que no acabe aquí la cosa… 

abril 24, 2008

Hola-Hello

Filed under: General — Sergio @ 5:30 pm

Es importante empezar las cosas con buen pie, o eso al menos me han enseñado. Este blog que hoy nace lo hace con varios objetivos:

1.- A corto plazo, sobrevivir. Otro blog que empecé se quedó olvidado con tres tristes entradas. Así que mis intenciones con este, mi segundo intento, no son nada pretenciosas: pasar de las tres entradas y, si me es posible, conseguir una entrada semanal.

2.- A medio plazo me gustaría que el blog fuera útil y ameno, y que plasmara el día a día de un científico dentro y fuera del laboratorio. En estos momentos estoy finalizando mi formación doctoral, por lo que me gustaría plasmar y desarrollar algunas noticias relacionadas con mi investigación, la adhesión celular, así como intentar hacer una pequeña tesisonline. Realmente esto último resultará complicado, pero se intentará. Ya ha llovido desde que Lutero clavara sus tesis en la puerta de la iglesia del palacio de Wittenberg, y hoy día Internet puede ser un lugar magnífico para comunicar, aunque sea mediante breves reseñas, una tesis doctoral. 

También dentro de los objetivos a medio plazo es contaros, si me permiten el tuteo, cómo se vive fuera de España, pues en breve me tocará, espero, emigrar a otras tierras para seguir con mis investigaciones. Eso será, probablemente, el año próximo.

3.- A largo plazo, espero seguir disfrutando escribiendo el blog. De momento, es la única meta que puedo pensar a más de tres años vista.

Espero escribiros algo la semana que viene… de momento, me toca pensar en la temática, e intentar condimentar tanta palabra con unos pellizcos de imágenes.

 

 

 

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